Hola estimado.
Realmente ambos cambios, SQL y version de SAP B1 son dos tareas bastante arduas y que conllevan bastante trabajo.
En lo personal te recomiendo que primero migres SAP B1 y cuando ya este estable (un aproximado de 3meses o mas segun los inconvenientes que tengas luego del upgrade) en el siguiente post, se comenta bastante respecto al upgrade de version de SAP B1.
Luego, de que ya migraste SAP, procedé a migrar SQL eso es bastante complejo ya que tienes que migrar tu servidor y tambien tus clientes (cada pc).
No te recomiendo hacer ambas migraciones (SQL-SAP B1) juntas, pero esto es una opinion personal.
Saludos.