Hola Luis,
Hay dos posibles causas.
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La mas probable es el transaction log (archive log en oracle), el file system se llena y la base de datos deja de responder, SAP sigue arriba pero no puedes conectar.
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Creo que revisaste el punto 1 y no es tu caso, por lo cual me queda decirte que algun Filesystem que tiene los binarios de SAP se encontraba en mal estado, desmontado o con corrupciones de archivos. Puedo creer que era el /usr/sap/SID/DVMSG00/exe, cuando reinicias instancia el toma el kernel del /sapmnt/ y lo actualiza en exe de instancia, seguramente por ello se soluciono el error con el reinicio.
Cordial Saludo,
William Neira