No te lo recomiendo, hacer eso podría hacer saltar una auditoría en el futuro.
Lo que hay que hacer, es una nota de crédito referenciada al cliente en cuestión, y eso anulará la factura.
Te recomiendo leer algunos debates relacionados a este tema, por ejemplo:
Usa el buscador, hay varios sobre anulación de facturas.
Desconozco también si en tu país las normas contables dejan anular facturas con número legal.