Creo que ya cuando hablamos de más de tres centros de costos por posición hablamos de una deficiente estrategia de costos en la organización. Quien carga compras no tiene por qué saber exactamente a qué centros de costos debe distribuirse la compra. Debería ser por área, un ceco, y después en base a ciclos de reparte o sub-reparto distribuir los costos que tengan esos objetos.
Pero bueno, ese es un tema más de sap-co que habría que analizar bien respecto a las necesidades puntuales del negocio.
En cuanto a la duda puntual, no hay manera estándar de lograr la carga masiva, salvo vayas por el método de una LSMW (ver tutorial de LSMW aquí en Consultoria-SAP) 
Sí tengo un contacto que ha generado un programa que permite copiar y pegar los datos a este tipo de pantallas de SAP. O hay otros programas que hacen esto en el mercado, por supuesto no son gratuitos.