Lo primero que tienes que ver es que el Reporte es una Z, es decir, un desarrollo. Prueba con algún reporte de stock estandar y verifica si la información que trae el Z es la misma.
Tambien podrias buscar un historico de los movimientos de mercancias o documentos de material de esos Materiales en los que tienes diferencia, esto para que sepas que ha pasado…
Una vez que hayas hecho eso, y sepas cual pudo haber sido la causa, podrias hacer un ajuste de inventario, para que lo Teorico te cuadre con el Real .
PD. Antes de hacer cualquier cosa, toma en cuenta in inventario fisico, para chequear que las cantidades esten igual que en el sistema
Me parece que deberías evaluar qué está haciendo la Transacción ZMMSTOCK, veo que estás comparando el stock de un almacén contra el stock del centro, puede ser eso.
Ejemplo:
En ZMMSTOCK ves el material 5443, el stock que visualizas está en el almacén PG00 = 0,000 PZA.
En MD04 estás viendo todo el stock que tiene el material 5443 el centro P600 = 16 PZA, es bastante probable que el stock que falte (la diferencia) se encuentre en otros almacenes.