Este tema me tiene preocupado.
En la VF03 (o VF02) veo que el status es “bloqueado para contabilidad”:
La factura en sí es una Nota de Crédito.
El error es:
La clase cta./cuenta para ref. a factura no concuerdan con posición.
Nº mensaje: F5350
Por lo que he estado investigando, se da por incoherencia entre referencias. Es decir, de una factura que usan de referencia a otra para crear la Nota de Crédito.
Lamentable, pero cómo hago para contabilizar ésto si o si?
Se les ocurre algo?
Verifica que las cuentas a las que están apuntando las posiciones de la factura sean las correctas.
Nunca he visto esto, pero para forzar la contabilización se usa la bandera verde en la vf02.
Revisa las cuentas @SidV
Si, al presionar la banderita da el error ese que te indico.
Cómo veo las cuentas ? 
Pregunta muy FI, pero estoy del lado de SD :’( jajajajja
En el menu de entorno y cuentas de ingresos, te confieso que todo eso de finanzas es como chino para mi.
jajajaja
Si, ahi llego a la cuenta de ingresos a la que apunta la factura.
Pero de ahí ya verifiqué todo.
Incluso leí sobre la VOFA, pero no entiendo qué configurar ahí.
Nada jajajajajaja, eso es secreto.
Nah mentira la VOFA es para actualizar las clases de documentos.
vamos por partes, las cuentas a las que están apuntando las posiciones dentro de la Factura ¿están correctas? Esta es la inconsistencia que me dice la logica.
Navegando conseguí 3 cosas:
la primera esta nota: Have you checked note 632623
Después verifica esto:
There are 2 situations where error message F5350 is justified on a
billing document (return, credit/memo) that references an invoice:
The check leading to message F5350 depends on customizing
of billing document type (fields TVFK-XFILKD, TVFK-XVALGS).
During VA01 the system cannot know which is the billing document
type will be used.
The system cannot forseen every possible subsequent flow.
I hope that this help you on this issue.
Basicamente creo que mi problema es este.
El usuario uso como referencia en la VA01 a una factura de “OTRO” cliente. 
Ese pedido y factura se tienen que eliminar. Hay que hablar con el contable de la empresa para que todo quede registrado como es. Luego proceder a realizarla correctamente.
No es posible. Ya lo pensé y lo propuse.
Pasa que en Argentina, la factura se envía a validar a la Administración Federal de Ingresos Públicos (AFIP). Ese paso se hace “antes” de que se contabilice. La AFIP ya fue informada, y validó el CAE (Código de Autorización Electrónico). Ahora esta NC debe ser contabilizada si o si. 
Quería actualizar como se solucionó esto.
Saludos!
Hola @SidV en algunas ocasiones he tenido éste tipo de inconvenientes (como usuario), en las Órdenes de Compra. Lo que hacemos, es que creamos una OC paralela que nunca la enviamos al proveedor y los documentos y contabilización de la factura se le hace a esa nueva OC. ¿qué por qué pasa? bueno, por un error de CAPA 8 se genera una OC a un proveedor que tiene una razón social y plantas en dos países diferentes; le voy a comprar al de Alemania, pero le pongo la OC al de India. Cuando el proveedor ya empezó a tramitar la Orden de Compra, no me permite ni cambiar el número de la OC, ni anularla entonces… ta raaaa! El usuario genio (yo), genero una OC para el proveedor de Alemania igual a la otra, pero nunca la envío y borro la otra; luego hablo con Comercio Exterior, para que cargue todos los documentos a la nueva OC.
Lo que pienso, mi estimado @SidV es extrapolar esta solución a tu caso (en futuras ocasiones). Crear la Nota Crédito que se debió crear, NO registrarla ante la entidad gubernamental regulatoria y cruzar internamente los valores, que en todo caso serán iguales, por tanto no habría fraude ni diferencias contables.
Espero que te sirva, para más adelante.
