Por lo que veo no tienes experiencia en esta parte, contacta a tu partner para que apoye en la configuración, yo he tenido varios detalles con 9.3 y la facturación nativa, y uno muy rraro es que debes dejar 1 sesión de sap activa y conectada en el servidor para que se pueda timbrar, no es tan fácil en ocasiones, revisa los escenarios que estén acordes a la nota 2271455 ya que para cada parche puede tener cambios, también revisa tu certificado pfx y asegúrate de instalarlo.
Creo que es lo mejor antes de que dejes a tu cliente mas tiempo sin poder facturar.