Que sean ambos ECC 6.0 no significa que todo el sistema esté idéntico.
Por favor, verifica el paso 3 de éste tutorial: Cómo ver la versión de SAP ERP que uso
Hay distintas versiones para cada componente y producto dentro del ECC.
Y por más que todo eso sea idéntico, habría que comparar a nivel Basis.
Por supuesto también a nivel ABAP.
Si un abaper a metido un desarrollo a modo de exit, o ha activado algo no estándar, ya tendrás esa transacción distinta entre ambas empresas. 