Para desactivar artículos tienes que marcar el flag de 'Inactivo" en el maestro del artículo.
Para hacerlo masivamente deberías usar el Data Transfer Workbench, o mucho más fácil en esta ocasión que es un solo campo: la utilidad que tienes en SB1 en Gestión>Importación/Exportación>Importar de Excel, seleccionando los campos Código de Artículo, Activo e Inactivo en el desplegable.

Pinchas en OK y te pedirá que selecciones el archivo .txt que previamente habrás creado con las mismas 3 columnas (sin encabezados, simplemente en el mismo orden que has seleccionado en la herramienta de importación) que contengan los 600 artículos, N en Activo e Y en Inactivo (si sólo pones la columna Inactiva, no te modificaría la de Activo y te dará error con casi total seguridad).

Cualquier duda, pregunta de nuevo