SAP B1, tiene una activación a nivel de sociedad para habilitar el intrastat.
Después de habilitarlo hay que configurarlo y conocer todas las opciones de como usarlo.
Nunca lo he implementado, ni usado, solo se que existe y se activa.
Sería cuestión de buscar información en la página de producto y/o en notas SAP para poder ponerlo en marcha y testear.
Si, eso debería guiarte tu partner, que es quien tiene acceso al portal de SAP y a la documentación o de como debe configurarse para su uso (según la versión).
Piensa que el Intrastat afecta a todos los paises UE, con lo cual, con el sistema standard lo puedes lograr casi seguro.