al incluir la tabla de detalles de factura, la consulta muestra resultados repetidos de las tablas anteriores. El resultado de la consulta es correcto pero no el deseado.
Deberás modificar la consulta para obtener por un lado las facturas incluidas en el pago y por otro las líneas de las facturas para mostrar el detalle.
SELECT distinct 'Compra' AS Documento, T0.[DocNum], T0.[Canceled], T0.[TaxDate], T0.[DocDueDate], T0.[Comments], T0.[JrnlMemo], T0.[DocTotal] as 'Total Factura', T0.[DocStatus],
T3.[DocNum] as 'Doc Pago', T3.[DocType], T3.[TaxDate], T3.[DocDueDate], T3.[DocDate], T3.[CardCode], T3.[CardName], T3.[Comments], T3.[JrnlMemo], T2.[SumApplied] as 'Pago Aplicado', T2.[BfDcntSum], T2.[BfNetDcnt], t3.DocTotal as 'Total Pagado'
FROM
OPCH T0 left JOIN VPM2 T2 ON T0.DocEntry = T2.DocEntry
left JOIN OVPM T3 ON T2.DocNum = T3.DocEntry
WHERE T0.[CardCode] ='X' and T3.DocDate>'2018-11-01' and T0.[Canceled]='N'