Hola @KdaCunha Intenta algo sencillo como incluir en tu consulta sólo las facturas que tengan el [TargetType] igual a -1, así no las estarás restando pero tampoco te mostraría a las que se aplicó alguna nota de crédito y deberías poder sumar de manera natural.
Recuerda que el origen y destino de los documentos se toma de las tablas de líneas en tu caso INV1, no haría falta que llames al RIN1 ya que entendí no vas a trabajar esos registros, sólo no quieres que aparezcan.
hola @KdaCunha viendo tu comentario he probado lo siguiente:
SELECT
T1.DocNum,T1.DocDate,T1.NumAtCard,T1.CardCode,T1.CardName,T0.ItemCode,T0.Dscription,T0.Quantity,
T0.LineTotal,T0.TotalFrgn,
t2.DocNum,T3.LineTotal*-1 Linetotal,T3.TotalFrgn*-1 TotalFrgn,t0.LineNum+t3.LineTotal TOTAL
FROM
INV1 T0
INNER JOIN OINV T1 ON T0.DocEntry = T1.DocEntry
LEFT JOIN ORIN T2 ON T0.TrgetEntry = T2.DocEntry
LEFT JOIN RIN1 T3 ON T2.DocEntry = T3.DocEntry
WHERE
MONTH(T1.DOCDATE)=6 AND YEAR(T1.DOCDATE)=2022
AND T1.DocType = 'I'
ORDER BY
T1.DocNum