En Perdidas y Ganancias puedes tener apuntes que no provienen de facturación ni de abonos.
Emite el query añadiendo la cuenta contable y compara el resultado de Ps y Gs con el query por cuenta contable, si hay diferencia es por asientos manuales.
Luego revisas en el mayor si en el object type ves AS en vez de FA o RC son asientos manuales que no contemplará el query.