Gracias, tu si me estás entendiendo mejor, pero creo que este caso que presento, si bien no es algo que complique la existencia tanto del usuario como la mía, ni que afecte la operación de manera drástica, si se podría catalogar como de ese tipo de problemillas “raros” que luego es dificil darle al clavo, y uno termina confundiéndose y ofrece la solución más rápida que se nos ocurre como paso con el compañero @SidV y que al no entenderme se desesperó y no lo culpo, pues también me pasó aquí con un compañero, pero bueno, me explicaré un mejor esperando me de a entender mejor, haré un ejercicio con un proveedor el cual no tengo el problema que expuse:
Después de hacer mi pedido, y ahora proceder a darle entrada con MIGO, lleno el campo NOTA DE ENTREGA que es un campo obligatorio (no se si es con todos, aqui lo tenemos asi):
Ahora procedo a ingresar la factura en MIRO, notese el campo REFERENCIA estoy poniendo una X para denotar que no relaciona el dato en el reporte ME2N:
Después de contabilizar la MIRO, el reporte ME2N queda así:
Como se puede apreciar, tanto el documento de la MIRO como de la MIGO se relacionan automaticamente.
Lo anterior como mencione, para un caso normal, pero ahora con el proveedor que tengo este problema:
MIGO, le doy entrada al material:
MIRO, ingreso factura, igual marco una X en referencia para demostrar que no relaciona con el campo de la lista de ME2N:
Contabilizo y saco el reporte en ME2N y como se puede apreciar, aqui no despliega el dato que vengo mencionando 
Y en ambos casos, haciendo exactamente el mismo procedimiento pero con distintos proveedores.
Espero que ahora si esté más claro lo que quiero explicar 
